A história de fundação de Carutapera remonta ao ano de 1655, época em que os jesuítas fundaram o posto de catequese aos índios do rio Gurupi. Firmino Pantoja e sua mulher, Fausta Pantoja, adquirindo terras de Manoel Rodrigues Leite Chaves, à margem direita do rio Arapiranga, fundaram a povoação que se denominou Carutapera. O topônimo, de origem tupi, significa povoação abandonada.

A povoação progrediu rapidamente. Em 1886, foi elevada à categoria de Vila, mais tarde extinta, e seu território anexado ao município de Turiaçu. Em 11 de maio de 1886, foi desmembrado de Turiaçu através da Lei Provincial nº 1377, tornando-se assim município (IBGE, 2017).